《聊斋搜神记》游戏以中国古典文学作品《聊斋志异》作为背景，在保留原著各个单元原版故事情节的基础上重新架构了世界观，使其更符合游戏设定。
游戏故事是从聊斋先生蒲松龄隐居在上清山写出《聊斋志异》这本著作后开始的，蒲松龄写出聊斋故事后，因上清山的特殊环境和灵气激发，将他著作的这个世界成为了一个存在于现实世界的一个聊斋虚幻世界。一开始，这个虚幻世界始终按照自己的创作运作，里面设定的各种生物都按照既定的法则平衡发展，但是随着蒲松龄年纪逐渐老去，他发现自己创作的这个虚化世界越来越动荡不安，而虚幻世界中的生物会沿着上清山这个通道来到真实的世界，于是蒲松龄另外创作了一个叫《万灵录》的空白书卷，召唤一位天选之人（玩家）拿着这个书卷前往虚幻的聊斋世界游历，记录世界内的生态，以图找到平定动荡的办法，重新维持这个混乱世界的恒定。